Diskusia týkajúca sa GMO, zameraná na ovplyvnenie verejnej mienky, prebieha v rôznych rovinách a vzťahuje sa na rôzne aspekty problematiky. Protagonisti GMO sa snažia verejnosť presvedčiť o užitočnosti a neškodnosti poľnohospodárskych plodín získaných genetickou manipuláciou, zatiaľ čo odporcovia z pomedzi odborníkov ich argumenty spochybňujú. Jednou z tém, ktorá je predmetom debaty, je porovnanie klasického šľachtenia, využívaného v agrárnej praxi už tisícročia, s genetickou manipuláciou.