Když se vrátil do Spojených států, žil ve stavu vědomí, který nazval „Alternity“ (slovní hříčka odkazující k propojení stavu věčnosti - eternity - a změněných stavů vědomí - alterned states). Byl to stav charakteristický vědomím, že pro Já jsou otevřeny všechny myslitelné možnosti. V té době se (na party Alana Wattse v Hollywoodu) seznámil se svou družkou na dalších 15 let, Toni Ficarotti. Když ji prvně spatřil a prohlédl si její auru, zeptal se jí: „Kde jsi byla a co jsi dělala posledních 500 let?“ Toni odpověděla, „Absolvovala jsem trénink. Teď jsem tady.“

Díky řadě dlouholetých pokusů s psychedelickými látkami se Lillymu podařilo rozvinout psychologickou teorii lidského biopočítače. V roce 1968 vydal knihu s názvem Programming and metaprogramming the Human Biocomputer, ve které shrnul svoje psychedelické zkušenosti. Jak naznačuje terminologie, Lilly nezapře odborníka na počítačový jazyk a programování, ani když se pohybuje v oblasti hlubinné psychologie.

Zároveň s výzkumem delfínů přistoupil k experimentům se smyslovou deprivací v uzavřené vodní nádrži. V 50. letech totiž vynalezl speciální izolační vodní nádrž (předchůdce dnešní floatační vany). Později, v 60. letech, začal v této nádrži používat experimentálně LSD a ketamin. Do temného a tichého světa vody se začal nořit v roce 1954. Uzavřený do nádrže s vodou - izolován od všech vnějších stimulů - začal ve stavu beztíže zkoumat pochody a funkce své vlastní mysli. Sledoval, jak se v tomto prostředí a za této situace rozpouští všechny v mysli naprogramované představy o světě i o sobě, všechny formy víry, domněnky i koncepty, a jak dochází ke kompletnímu přeprogramování mysli za upřeného pohledu jeho naprosto klidného a soustředěného vnitřního oka. Tehdy zjistil, že každá víra je omezením, které je nutno přezkoumat a transcendovat.

Pro účely pozdějších citací zveřejňuji po 12 letech článek kolegy Blumfelda (se kterým jsem tehdy připravoval první čísla Baraky) o výzkumníkovi vlastní mysli, který zkoumal delfíny, ale brzy zjistil, že jsou chytřejší než on sám, a tak začal zkoumat sám sebe. Tedy vesmíry vlastní mysli. Ne náhodně (a riskantně třeba pomocí drog), ale systematicky a kontrolovaně. Právě teď, kdy je otázka smyslu dějin (a vývoje lidstva) znovu na pořadu dne, je třeba vědět o těch, kteří nás (a svou dobu) předběhli.