Začiatkom Strednej ríše (pred 3600 až 4000 rokmi) sa stal Abydos centrom kultu boha podsvetia Usira. Jemu zasvätená skupina chrámov bola vybudovaná v blízkosti „Terasy Veľkého boha“. Archeológovia mali dlhý čas problémy s určením presnej polohy chrámového miesta. Medzi rokmi 2002 až 2004 výskumníci z expedície Inštitútu výtvarných umení z Yale v Pensylvánii objavili dve stavebné vrstvy po budovách, ktoré sú datované do obdobia panovania faraónov Nachtnebefa I. a II. (približne pred 2400 rokmi) a do obdobia 18. dynastie (asi pred 3500 rokmi). Zdá sa, že strop Nachtnebefovho chrámu bol vyzdobený hviezdami vyrytými ako reliéf.

Archeologické nálezisko staroegyptského mesta Abydos, ktoré zohrávalo kľúčovú úlohu v náboženskom živote starých Egypťanov, sa nachádza v Hornom Egypte približne šesť míľ (10 km) od rieky Níl. Zdá sa, že najranejší panovníci Egypta vrátane tých, ktorí pochádzali z historicky prvej dynastie vládnucej Egyptu (3000 – 2890 PNL) boli pochovaní v Abydose.